seq1 = /home/httpd/html/group-files/cgi-bin/cDNA_fasta.txt, 2361 bp
seq2 = /home/httpd/html/group-files/cgi-bin/DNA_fasta.txt (PRKAA2_DNA), 64377 bp

>U06454
>PRKAA2_DNA

1-158  (986-1145)   98% ==
296-394  (47053-47151)   97% ->
395-539  (48022-48166)   100% ->
540-627  (49429-49516)   98% ->
628-852  (51599-51823)   100% ->
853-1357  (59635-60139)   99% ->
1358-1484  (61756-61882)   100% ->
1485-2361  (63139-64020)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 GGTA GCGGCGGCGGCGGCGGCTA GCGGAGCGGCAGGCGGTGGAGCGAG
        ||||-|||||||||||||||||||-|||||||||||||||||||||||||
    986 GGTAGGCGGCGGCGGCGGCGGCTACGCGGAGCGGCAGGCGGTGGAGCGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49 GCCGCGCGCGCCGAAGATGGCTGAGAAGCAGAAGCACGACGGGCGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   1036 GCCGCGCGCGCCGAAGATGGCTGAGAAGCAGAAGCACGACGGGCGGGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     99 AGATCGGACACTACGTGCTGGGCGACACGCTGGGCGTCGGCACCTTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   1086 AGATCGGACACTACGTGCTGGGCGACACGCTGGGCGTCGGCACCTTCGGC

    150     .    :
    149 AAAGTGAAGA
        ||||||||||
   1136 AAAGTGAAGA

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    296 AAACTATACCAGGTGATCAGCACTCCAACAGATTTTTTTATGGTAATGGA
        |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  47053 AAAAGATACCAGGTGATCAGCACTCCAACAGATTTTTTTATGGTAATGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    346 ATATGTGTCTGGAGGTGAATTATTTGACTACATCTGTAAGCATGGACGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
  47103 ATATGTGTCTGGAGGTGAATTATTTGACTACATCTGTAAGCATGGACGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    395         GTTGAAGAGATGGAAGCCAGGCGGCTCTTTCAGCAGATTCTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  47153 TG...TAGGTTGAAGAGATGGAAGCCAGGCGGCTCTTTCAGCAGATTCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    437 TCTGCTGTGGATTACTGTCATAGGCATATGGTTGTTCATCGAGACCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  48064 TCTGCTGTGGATTACTGTCATAGGCATATGGTTGTTCATCGAGACCTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    487 ACCAGAGAATGTCCTGTTGGATGCACACATGAATGCCAAGATAGCCGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  48114 ACCAGAGAATGTCCTGTTGGATGCACACATGAATGCCAAGATAGCCGATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    537 TCG         GATTATCTAATATGATGTCAGATGGTGAATTTCTGAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  48164 TCGGTA...TAGGATTATCTAATATGATGTCAGATGGTGAATTTCTGAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    578 ACTAGTTGCGGATCTCCAAATTATACAGCACCTGAAGTCATCTCAGGCAG
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
  49467 ACTAGTTGCGGATCTCCAAATTATGCAGCACCTGAAGTCATCTCAGGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    628          ATTGTATGCAGGTCCTGAAGTTGATATCTGGAGCTGTGGTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  49517 GTA...TAGATTGTATGCAGGTCCTGAAGTTGATATCTGGAGCTGTGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    669 TTATCTTGTATGCTCTTCTTTGTGGCACCCTCCCATTTGATGATGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  51640 TTATCTTGTATGCTCTTCTTTGTGGCACCCTCCCATTTGATGATGAGCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    719 GTACCTACGTTATTTAAGAAGATCCGAGGGGGTGTCTTTTATATCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  51690 GTACCTACGTTATTTAAGAAGATCCGAGGGGGTGTCTTTTATATCCCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    769 ATATCTCAATCGTTCTGTCGCCACTCTCCTGATGCATATGCTGCAGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  51740 ATATCTCAATCGTTCTGTCGCCACTCTCCTGATGCATATGCTGCAGGTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    819 ACCCACTGAAACGAGCAACTATCAAAGACATAAG         AGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  51790 ACCCACTGAAACGAGCAACTATCAAAGACATAAGGTG...TAGAGAGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    860 GAATGGTTTAAACAAGGTTTGCCCAGTTACTTATTTCCTGAAGACCCTTC
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
  59642 GAATGGTTTAAACAAGATTTGCCCAGTTACTTATTTCCTGAAGACCCTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    910 CTATGATGCTAACGTCATTGATGATGAGGCTGTGAAAGAAGTGTGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  59692 CTATGATGCTAACGTCATTGATGATGAGGCTGTGAAAGAAGTGTGTGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    960 AATTTGAATGTACAGAATCAGAAGTAATGAACAGTTTATATAGTGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  59742 AATTTGAATGTACAGAATCAGAAGTAATGAACAGTTTATATAGTGGTGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1010 CCTCAAGACCAGCTTGCAGTGGCTTATCATCTTATCATTGACAATCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  59792 CCTCAAGACCAGCTTGCAGTGGCTTATCATCTTATCATTGACAATCGGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1060 AATAATGAACCAAGCCAGTGAGTTCTACCTCGCCTCTAGTCCTCCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  59842 AATAATGAACCAAGCCAGTGAGTTCTACCTCGCCTCTAGTCCTCCATCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1110 GTTCTTTTATGGATGATAGTGCCATGCATATTCCCCCAGGCCTGAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  59892 GTTCTTTTATGGATGATAGTGCCATGCATATTCCCCCAGGCCTGAAACCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1160 CATCCAGAAAGGATGCCACCTCTTATAGCAGACAGCCCCAAAGCAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  59942 CATCCAGAAAGGATGCCACCTCTTATAGCAGACAGCCCCAAAGCAAGATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1210 TCCATTGGATGCACTGAATACGACTAAGCCCAAATCTTTAGCTGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  59992 TCCATTGGATGCACTGAATACGACTAAGCCCAAATCTTTAGCTGTGAAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1260 AAGCCAAGTGGCGTCAAGGAATCCGAAGTCAGAGCAAACCGTATGACATT
        |||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
  60042 AAGCCAAGTGGCATCTTGGAATCCGAAGTCAGAGCAAACCGTATGACATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1310 ATGGCTGAAGTTTACCGAGCTATGAAGCAGCTGGATTTTGAATGGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
  60092 ATGGCTGAAGTTTACCGAGCTATGAAGCAGCTGGATTTTGAATGGAAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1358        GTAGTGAATGCATACCATCTTCGTGTAAGAAGAAAAAATCCAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  60142 A...TAGGTAGTGAATGCATACCATCTTCGTGTAAGAAGAAAAAATCCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 TGACTGGCAATTACGTGAAAATGAGCTTACAACTTTACCTGGTTGATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  61799 TGACTGGCAATTACGTGAAAATGAGCTTACAACTTTACCTGGTTGATAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 AGGAGCTATCTTTTGGACTTTAAAAGCATTGATG         ATGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  61849 AGGAGCTATCTTTTGGACTTTAAAAGCATTGATGGTA...CAGATGAAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 AGTGGAGCAGAGATCTGGTTCCTCAACACCTCAGCGTTCCTGTTCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  63146 AGTGGAGCAGAGATCTGGTTCCTCAACACCTCAGCGTTCCTGTTCTGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CTGGCTTACACAGACCAAGATCAAGTTTTGATTCCACAACTGCAGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  63196 CTGGCTTACACAGACCAAGATCAAGTTTTGATTCCACAACTGCAGAGAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 CATTCACTTTCTGGCTCTCTCACTGGCTCTTTGACCGGAAGCACATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  63246 CATTCACTTTCTGGCTCTCTCACTGGCTCTTTGACCGGAAGCACATTGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 TTCAGTTTCACCTCGCCTGGGCAGTCACACCATGGATTTTTTTGAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  63296 TTCAGTTTCACCTCGCCTGGGCAGTCACACCATGGATTTTTTTGAAATGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 GTGCCAGTCTGATTACTACTTTAGCCCGTTGATCTGTCTCTAGTTTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  63346 GTGCCAGTCTGATTACTACTTTAGCCCGTTGATCTGTCTCTAGTTTCTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 CTGTTATTGCACTATGAAAATCAGTTATATTCTTTAAATTTTTATCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  63396 CTGTTATTGCACTATGAAAATCAGTTATATTCTTTAAATTTTTATCTTAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 TTTTGGATAATATCCACTGCAATACTAATTGAGAAACATGAATTATTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  63446 TTTTGGATAATATCCACTGCAATACTAATTGAGAAACATGAATTATTTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 AGGGGCACACAATGCTATTGAAATTACTGAAAACAAAATATCTGACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  63496 AGGGGCACACAATGCTATTGAAATTACTGAAAACAAAATATCTGACATCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1892 TATTTACTTGTAGAAATCTGTAATTCTATTGTGCCTATGATAAATTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  63546 TATTTACTTGTAGAAATCTGTAATTCTATTGTGCCTATGATAAATTCACA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1942 TAGGCAATATCTTTAATAGGTTAATATCAATGAAGATTTTTAATTACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  63596 TAGGCAATATCTTTAATAGGTTAATATCAATGAAGATTTTTAATTACAAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1992 AATGAGTTCACTACAGACGATTAACACACCACACTGGCGAACCATCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  63646 AATGAGTTCACTACAGACGATTAACACACCACACTGGCGAACCATCTCAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2042 TGTAAGGGTGGTTTGGCAACACCTCCTTGCTTTGCTGTTTGGTGTAG TA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-||
  63696 TGTAAGGGTGGTTTGGCAACACCTCCTTGCTTTGCTGTTTGGTGTAGGTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2091 AATCTAGTTTACTTCCTAAATTTCAGTAGGCTTTATGCTGTGTTTAT CG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-| 
  63746 AATCTAGTTTACTTCCTAAATTTCAGTAGGCTTTATGCTGTGTTTATGCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2140 CCCAATTTATTTTAACAAAAGAAGATTAAAAAGTAAA GAACCACGAGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||-||||||||||||
  63796 CCCAATTTATTTTAACAAAAGAAGATTAAAAAGTAAAAGAACCACGAGTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 AGATATTATTTAAATGTTGAAATCTT AAAACCTGCCTCCAAGATTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||||||||
  63846 AGATATTATTTAAATGTTGAAATCTTAAAAACCTGCCTCCAAGATTTCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238 AAGCCAAGTTTTTCTAACAGTATTTGTACAAATACTGCCTAGTGTATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  63896 AAGCCAAGTTTTTCTAACAGTATTTGTACAAATACTGCCTAGTGTATTCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2288 ACAGAAG ACTGTGGTCATGTAACAGGTAACCACAATTTTCAGGTTTCTT
        |||||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  63946 ACAGAAGGACTGTGGTCATGTAACAGGTAACCACAATTTTCAGGTTTCTT

   2100     .    :    .    :    .
   2337 AAAAACAGCTGTAACTAACTCAGGA
        |||||||||||||||||||||||||
  63996 AAAAACAGCTGTAACTAACTCAGGA