seq1 = /home/httpd/html/group-files/cgi-bin/cDNA_fasta.txt, 1635 bp
seq2 = /home/httpd/html/group-files/cgi-bin/DNA_fasta.txt (PAK3_DNA), 99344 bp

>AF068864
>PAK3_DNA

1-175  (1001-1175)   100% ->
176-276  (19993-20093)   100% ->
277-430  (25634-25787)   100% ->
431-468  (30307-30344)   100% ->
469-600  (40812-40943)   100% ->
601-766  (41459-41624)   100% ->
767-830  (50915-50978)   100% ->
831-879  (70024-70072)   100% ->
880-992  (70403-70515)   100% ->
993-1110  (72198-72315)   100% ->
1111-1210  (73739-73838)   100% ->
1211-1407  (74341-74537)   100% ->
1408-1545  (94318-94455)   100% ->
1546-1635  (98255-98344)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGACGGTCTGGATAATGAAGAGAAACCCCCGGCTCCTCCACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   1001 ATGTCTGACGGTCTGGATAATGAAGAGAAACCCCCGGCTCCTCCACTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGAATAGTAACAACCGGGATTCTTCAGCACTCAACCACAGCTCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   1051 GATGAATAGTAACAACCGGGATTCTTCAGCACTCAACCACAGCTCCAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACTTCCCATGGCCCCTGAAGAGAAGAATAAGAAAGCCAGGCTTCGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   1101 CACTTCCCATGGCCCCTGAAGAGAAGAATAAGAAAGCCAGGCTTCGCTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCTTCCCAGGAGGAGGGGATAAAA         CCAATAAGAAGAAGGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
   1151 ATCTTCCCAGGAGGAGGGGATAAAAGTA...TAGCCAATAAGAAGAAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAAGAGCGCCCAGAGATCTCTCTTCCTTCAGACTTTGAGCATACGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  20009 GAAAGAGCGCCCAGAGATCTCTCTTCCTTCAGACTTTGAGCATACGATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGTGGGGTTTGATGCAGTCACCGGGGAATTCACT         GGAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
  20059 ATGTGGGGTTTGATGCAGTCACCGGGGAATTCACTGTA...CAGGGAATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCAGAGCAATGGGCACGATTACTCCAAACTTCCAACATAACAAAATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  25640 CCAGAGCAATGGGCACGATTACTCCAAACTTCCAACATAACAAAATTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACAGAAGAAGAACCCACAAGCTGTTCTAGATGTTCTCAAATTCTATGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  25690 ACAGAAGAAGAACCCACAAGCTGTTCTAGATGTTCTCAAATTCTATGATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAAAGAAACAGTCAACAACCAGAAATACATGAGCTTTACATCAGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
  25740 CCAAAGAAACAGTCAACAACCAGAAATACATGAGCTTTACATCAGGAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    431        ATAAAAGTGCACATGGATACATAGCAGCCCATCCTTCG     
        >...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
  25790 A...CAGATAAAAGTGCACATGGATACATAGCAGCCCATCCTTCGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469     AGTACAAAAACAGCATCTGAGCCTCCATTGGCCCCTCCTGTGTCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  30350 .AAGAGTACAAAAACAGCATCTGAGCCTCCATTGGCCCCTCCTGTGTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGAAGAAGATGAAGAGGAAGAAGAAGAAGAAGATGAAAATGAGCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  40858 AAGAAGAAGATGAAGAGGAAGAAGAAGAAGAAGATGAAAATGAGCCACCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCAGTTATCGCACCAAGACCAGAGCATACAAAATCA         ATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  40908 CCAGTTATCGCACCAAGACCAGAGCATACAAAATCAGTA...TAGATCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TACTCGTTCTGTGGTTGAATCCATTGCTTCACCAGCAGTACCAAATAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  41464 TACTCGTTCTGTGGTTGAATCCATTGCTTCACCAGCAGTACCAAATAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGTCACACCACCCTCTGCTGAAAATGCCAATTCCAGTACTTTGTACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  41514 AGGTCACACCACCCTCTGCTGAAAATGCCAATTCCAGTACTTTGTACAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AACACAGATCGGCAAAGAAAAAAATCCAAGATGACAGATGAGGAGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  41564 AACACAGATCGGCAAAGAAAAAAATCCAAGATGACAGATGAGGAGATCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGAGAAGCTAA         GAAGCATTGTGAGTGTTGGGGACCCAAAGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
  41614 AGAGAAGCTAAGTG...TAGGAAGCATTGTGAGTGTTGGGGACCCAAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAAAATACACAAGATTTGAAAAAATTGGTCAAGG         GGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  50945 AAAAATACACAAGATTTGAAAAAATTGGTCAAGGGTA...CAGGGCATCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGTACTGTTTATACAGCACTAGACATTGCAACAGGACAAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
  70031 GGTACTGTTTATACAGCACTAGACATTGCAACAGGACAAGAGGTA...CA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    880  GTGGCCATAAAGCAGATGAACCTTCAACAGCAACCCAAGAAGGAATTAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70402 GGTGGCCATAAAGCAGATGAACCTTCAACAGCAACCCAAGAAGGAATTAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTATTAATGAAATTCTGGTCATGAGGGAAAATAAGAACCCTAATATTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  70452 TTATTAATGAAATTCTGGTCATGAGGGAAAATAAGAACCCTAATATTGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AATTATTTAGATAG         CTACTTGGTGGGTGATGAACTATGGGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
  70502 AATTATTTAGATAGGTA...TAGCTACTTGGTGGGTGATGAACTATGGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGTCATGGAATACTTGGCTGGTGGCTCTCTGACTGATGTGGTCACAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  72225 AGTCATGGAATACTTGGCTGGTGGCTCTCTGACTGATGTGGTCACAGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCTGTATGGATGAAGGACAGATAGCAGCTGTCTGCAGAGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
  72275 CCTGTATGGATGAAGGACAGATAGCAGCTGTCTGCAGAGAGGTA...TAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TGCCTGCAAGCTTTGGATTTCCTGCACTCAAACCAGGTGATCCATAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  73739 TGCCTGCAAGCTTTGGATTTCCTGCACTCAAACCAGGTGATCCATAGAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TATAAAGAGTGACAATATTCTTCTCGGGATGGATGGCTCTGTTAAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  73789 TATAAAGAGTGACAATATTCTTCTCGGGATGGATGGCTCTGTTAAATTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211          CTGACTTTGGGTTCTGTGCCCAGATCACTCCTGAGCAAAGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  73839 GTA...CAGCTGACTTTGGGTTCTGTGCCCAGATCACTCCTGAGCAAAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AAACGAAGCACTATGGTGGGAACCCCATATTGGATGGCACCTGAGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  74382 AAACGAAGCACTATGGTGGGAACCCCATATTGGATGGCACCTGAGGTGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GACTCGAAAAGCTTATGGTCCGAAAGTTGATATCTGGTCTCTTGGAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  74432 GACTCGAAAAGCTTATGGTCCGAAAGTTGATATCTGGTCTCTTGGAATTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGGCAATTGAAATGGTGGAAGGTGAACCCCCTTACCTTAATGAAAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  74482 TGGCAATTGAAATGGTGGAAGGTGAACCCCCTTACCTTAATGAAAATCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CTCAGG         GCATTGTATCTGATAGCCACTAATGGAACTCCAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
  74532 CTCAGGGTA...CAGGCATTGTATCTGATAGCCACTAATGGAACTCCAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GCTCCAGAATCCTGAGAGACTGTCAGCTGTATTCCGTGACTTTTTAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  94353 GCTCCAGAATCCTGAGAGACTGTCAGCTGTATTCCGTGACTTTTTAAATC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GCTGTCTTGAGATGGATGTGGATAGGCGAGGATCTGCCAAGGAGCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  94403 GCTGTCTTGAGATGGATGTGGATAGGCGAGGATCTGCCAAGGAGCTTTTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CAG         CATCCATTTTTAAAATTAGCCAAGCCTCTCTCCAGCCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  94453 CAGGTG...CAGCATCCATTTTTAAAATTAGCCAAGCCTCTCTCCAGCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GACTCCTCTGATTATCGCTGCAAAGGAAGCAATTAAGAACAGCAGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  98293 GACTCCTCTGATTATCGCTGCAAAGGAAGCAATTAAGAACAGCAGCCGCT

   1750 
   1634 AA
        ||
  98343 AA